直肠尿道瘘手术修补是直肠尿道瘘患者治愈的唯一手段，主要采取直肠尿道瘘切除术、微创手术、结肠造口术，患者一般为短期治疗。
一、药物治疗
直肠尿道瘘患者一般无针对性药物治疗，可在术前和术后可使用抗生素类药物预防或治疗感染。
二、手术治疗
如患儿直肠尿道瘘较大，粪便排出通畅，可到6岁左右时再进行手术治疗。直肠尿道瘘在直肠位置较低，手术预后良好。
1、直肠尿道瘘切除术：若肛门外观及功能良好，肛门术前临床评估分在4分以上，适宜经前会阴入路手术；对于直肠内瘘口位置较低的患儿，可采用经肛门入路手术，以上两种术式操作简单且效果满意，无需结肠造瘘，对于直肠内瘘口位置较高的患儿，可采用后矢入路手术，但应先行结肠造瘘粪便转流。
2、微创手术：腹腔镜辅助的肛门成形术，适用于直肠前列腺尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘患儿。
3、结肠造口术：直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘，患儿一般情况不良，伴发严重的心血管畸形、多发性畸形及延迟诊断者，或医疗条件有限、技术条件不成熟，应先行结肠造口术，建议采用分离式结肠造口。