中晚期的治疗是手术切除为主，辅以术后甲状腺激素抑制治疗、必要时同位素清灶治疗（例如甲状腺癌原发灶大于4厘米，穿透包膜侵犯气管、食管和周围组织，颈侧组出现淋巴结转移等情况导致甲状腺全切后），若是分化型甲状腺癌出现了远处转移（最常见是肺转移），则可以通过同位素治疗取得很好的效果。若是转移病灶不摄碘或者治疗后仍然进展，转移病灶进行性增大。那就成为了少见的难治性甲状腺癌了。以往对于此种情况也是束手无策。现在可以根据是否表达BRAF，VEGF等基因，可以选择靶向治疗，例如进入全国医保的索拉菲尼。