注射乙型肝炎疫苗不会反而得乙肝，注射的乙型肝炎疫苗是提纯的乙型肝炎表面抗原，是死疫苗，注射到体内也不会引起病毒复制。接种乙型肝炎疫苗的目的是刺激机体的免疫系统，产生乙型肝炎表面抗体，体内存在乙型肝炎表面抗体时，一旦乙型肝炎病毒出现，就可以清除乙型肝炎病毒，阻止乙型肝炎病毒感染，对乙型肝炎病毒具有免疫力。乙型肝炎表面抗体的滴度越高，对乙肝病毒的免疫越好。
注射乙型肝疫苗第一针之后，仅有30%的人可以产生乙型肝炎表面抗体，此时的抗体并不稳定。注射第二针之后，可以有90%的人产生乙型肝炎表面抗体。注射第三针后，乙型肝炎表面抗体的阳性率可以达到96%，而且可以持续较高水平存在。