巧克力囊肿出现破裂时患者会出现轻重程度不等的腹痛表现，腹痛的严重程度一方面与患者自身的敏感性相关。另一方面，主要由巧克力囊肿在破裂时破口的大小，以及巧克力囊肿内容物流出的多少决定的。
巧克力囊肿实际是卵巢的子宫内膜异位囊肿，患者的子宫内膜异位到卵巢，每个月经周期伴随周期性的子宫内膜剥脱出血，异位到卵巢内部的子宫内膜也会发生剥脱性出血，但剥脱性出血没有腔隙或者孔道能流出体外，所以逐渐会聚集在卵巢内部，形成越来越大的囊肿。随着时间延长，囊肿不仅会变得越来越大，囊肿内部的水分也会被逐渐吸收。所以，血液会变得越来越黏稠，颜色也会变得越来越深，可能会变成棕褐色，甚至有可能变成黑褐色，类似于巧克力的黏稠液体，所以被称为巧克力囊肿。
由于周期性剥脱出血，囊肿会变得比较大，有时还会反复出现小的破裂口，会有些囊内容物流出。如果有着少许的内容物的流出，对于盆腔、腹膜的刺激并不是特别明显，可能会造成轻微的腹痛。如果破口较大，内容物大量涌出后可能会流入腹腔，可能导致盆腹腔非常严重的腹痛。在这个时候，患者一定需要及时到医院进行检查，必要的时候要给予急诊手术处理。