肺结核不能根治是因为通过规律的合理抗结核治疗之后，大部分的结核分枝杆菌都被灭活了，但是还有极少数的结核分枝杆菌会潜伏在人体当中，处于休眠状态。当机体免疫功能低下时，这些休眠的结核分枝杆菌就会大量繁殖而引起病变，所以抗结核治疗一定要坚持疗程。
在用药过程当中要遵循早期、规律、合理、适量、联合的治疗原则，实施全程督导化学管理的治疗策略，规律的用药，避免耐药发生，最终达到消灭细菌，防止和杜绝复发。肺结核初治的病人治疗疗程最少是6-9个月，如果出现复发情况，疗程会更长，治疗难度会更大。