目前空泡蝶鞍综合征具体发病原因尚不明确，可能与鞍隔完整性受到破坏、鞍区存在粘连的蛛网膜、内分泌因素等有关，好发于中年女性，尤其是肥胖、高血压的经产妇。其诱发因素主要是鞍内或鞍旁术后史、感染及肥胖。
一、主要病因
1、鞍隔完整性受破坏，鞍区位于蝶骨体上方，颅中窝中央部的周围呈鞍状，该区主要结构为垂体，垂体窝，鞍隔及两侧的海绵窦。蝶鞍中央呈窝状，称为垂体窝，窝顶由硬脑膜封闭，即鞍膈，鞍膈上方有视交叉、视神经及鞍上池。基于鞍隔发育不全或鞍膈缺如，搏动性脑脊液压力逐渐使蛛网膜下腔疝入蝶鞍内，以至蝶鞍内充满脑脊液。
2、鞍区存在粘连的蛛网膜，鞍区存在粘连的蛛网膜影响脑脊液引流，冲击鞍膈，使其变形、下陷、骨质变薄，鞍膈缺损致使蛛网膜下腔及第三脑室疝入鞍内。
3、内分泌因素，正常人垂体呈椭圆形，位于蝶鞍内，其重量成人约0.5~0.6g，横径约12mm，前后径约8mm，垂体直径约5mm。妊娠期间垂体呈生理性增大，可>1g，妊娠后垂体逐渐回缩，但鞍膈孔扩大已不能复原，垂体留下较大空间，使得蛛网膜下腔的疝入。
4、垂体梗死及鞍内囊肿破裂，垂体梗死及鞍内囊肿破裂，造成与蛛网造膜下腔交通而出现空泡蝶鞍。
5、长期慢性增高的颅内压力也可借助脑脊液传入鞍内，引起蝶骨骨质破坏和吸收造成空泡蝶鞍综合征。
6、遗传因素，有些病人因垂体叶间组织发育障碍，造成鞍隔发育不良。或鞍隔的孔(即漏斗孔)较大，未被垂体等结构完全充满而致空泡蝶鞍。因此遗传因素也是空泡蝶鞍综合征主要危险因素之一。
二、诱发因素
1、鞍内或鞍旁区手术史：发生在鞍内或鞍旁区手术的患者，如垂体肿瘤术后，可使鞍区粘连，导致蛛网膜甚至第三脑室下部疝入鞍内，诱发继发性空泡蝶鞍综合征。
2、感染：鞍区局部的感染、外伤等发生蛛网膜粘连，导致脑脊液压力增高，使蛛网膜疝入鞍内，诱发继发性空泡蝶鞍综合征。
3、肥胖：慢性病理性肥胖可以导致颅内压力增高，脑脊液压力增大，使蛛网膜疝入鞍内，引起蝶骨骨质破坏和吸收诱发空泡蝶鞍综合征。