子宫腺肌症病因不清，可能与子宫内膜的损伤有关。子宫内膜损伤之后子宫内膜的间质和腺体会侵入到子宫肌层，从而发生子宫腺肌症。正常情况下子宫内膜分为功能层和基底层，功能层会出现周期性剥脱、出血，所以会有正常月经来潮。基底层是功能层的子宫内膜发挥作用的保障，此外还能保护子宫内膜不侵入到子宫肌层之内。如果患者有人工流产手术、药物流产、刮宫、宫腔内节育环的放置或者子宫内膜炎症等会造成子宫内膜基底层的破坏，子宫内膜的间质和腺体就会侵入到肌层，在子宫肌层内的间质和腺体周期性剥脱和出血，剥脱的内膜和血液不能排出体外会在肌层内不断堆积，所以会出现子宫肌层增厚，出现子宫腺肌瘤等子宫腺肌症的改变。