指骨骨髓炎的治疗方法最主要的就是取病理组织，做细菌的培养，根据细菌培养选择敏感的药物来治疗。抗生素要选择全程足量的应用，以免骨髓炎反复迁延性慢性骨髓炎。
一旦形成慢性骨髓炎，反复的发作，可能需要手术来处理形成的死骨，祛除、消灭死腔，消灭窦道，最终才能达到治愈。如果骨髓炎的位置处于手指的末端，最终有可能需要截肢来达到彻底的治愈。