无痛肠镜是在麻醉状态下完成全结肠检查，优点是检查过程患者无躁动不安，肠蠕动减少，便于观察及活检。缺点是风险危害会有所增加，一方面是麻醉相关的风险，主要是麻醉药物过敏反应及对心肺功能的抑制。另一方面是肠镜属侵入性检查，可能的并发症及意外事件如肠壁出血穿孔、肠绞痛与浆膜炎、心血管糸统并发症不会因为无痛肠镜而减少。虽然无痛肠镜检查的并发症发生率和意外极低，但医护人员会在检查过程中尽量避免并发症及意外发生，全力以赴维护患者的安全。