在治疗巩膜炎上主要是用含有激素的药物，如妥布霉素地塞米松眼药水、氟米龙眼药水、地塞米松眼药水，严重的时候可能还要口服激素类药物，如强的松片等。非激素类的药物主要有双氯芬酸钠眼药水、普拉洛芬眼药水，以及盐酸氮卓斯汀眼药水等，但有时用非激素类的药物治疗不如用激素类的药物治疗效果好、见效快。
但不论在治疗上用什么药都应当查清巩膜炎的病因，引起巩膜炎的原因主要有病毒感染、过敏和葡萄膜炎，有风湿的人也可以得此病。所以要针对病因进行治疗，主要就是针对原发病进行治疗，原发病治好之后巩膜炎才会明显好转。