对于手足口病的疱疹，针对不同的部位，应用不同的药物。口腔的疱疹应该用温开水漱口，有溃疡的情况下可以选用西瓜霜、冰硼散进行漱口或者涂抹患处。对于双手、双足、臀部的疱疹，也可以选冰硼散或者金黄散，稀释后用棉签蘸取，涂抹疱疹处。如果疱疹出现破裂，也可以涂1%的甲紫或者抗生素软膏，但是任何软膏的应用或者药物的应用，最根本的目的是对手足口病病原的治疗，就是抗病毒治疗，可以酌情选用利巴韦林抗病毒治疗。