植物神经功能紊乱的发病常与心理社会应激因素有关，部分患者也可能是由于遗传因素、性别因素以及生物学因素引起。心理社会因素包括长期精神紧张、心理压力过大以及情绪激动、精神受到剧烈刺激等等都可以引起植物神经功能紊乱。
家族性自主神经失调症是一种少见的遗传性疾病，是自主神经系统先天性的功能异常，这一些遗传因素可以造成植物神经功能紊乱的一些因素。另外女性，特别是生理过程当中的女性特别容易出现植物神经功能紊乱。
某些生物学因素，例如脑部的感染、肿瘤、外伤、出血、中毒、营养代谢和精神活性物质等器质性的病变，均可以间接或者直接造成植物神经功能紊乱。