一般肠镜检查无明显不适，检查之后如出现不适症状，可在检查后0.5-1小时左右于排气后可以改善。
肠镜检查是协助诊断结直肠疾病的重要手段，通过肠镜检查，可以直观并清晰地观察到患者的结肠、直肠以及部分末端回肠的黏膜，协助诊断炎症性肠病、缺血性肠病以及结直肠肿瘤等疾病。在肠镜检查过程中，还可通过活检钳钳取病变组织，进而送病理学检查，以协助病变性质以及严重程度的判定。由于肠腔走行迂曲，同时具有结肠带的结构，因此在检查过程中需要使用钩拉法并注入适量气体，以使肠管变直，皱襞平展，便于病变的观察。
肠镜检查以后的前三天，尽量吃半流质的粥类或面条等易消化的食物，不要吃辛辣、刺激性的食物，不要进行剧烈的运动。如果是取活检或者息肉切除的患者，还需要卧床休息，有的患者还需要暂时禁食。