颅内静脉血栓形成的原因多种多样，但是与下肢深静脉血栓相同，凡是能引起人体高凝状态的危险因素，都可能引起血栓的发生。
这些危险因素包括遗传性、获得性，遗传性的多见于蛋白C、蛋白S的先天缺乏以及易栓症的患者，而获得性的身体高凝状态一般有口服避孕药、卧床、妊娠、产褥期、恶性肿瘤、自身免疫病、感染以及头部的损伤或机械方面的诱因。超过85%的成人颅内血栓，至少可以发现一种危险因素，而34%的病人中存在着促进血栓形成的疾病，22%存在的遗传性促进血栓形成的疾病。
过去认为感染因素是主要病因，但目前看只有6%-12%的病人存在着感染的情况，在治疗血栓过程中，要将血栓诱因一同筛查并尽量控制，避免发生血栓复发或其他部位同时再发血栓。