小儿肠吸收不良综合征的典型症状为腹泻、体重减轻等，并且可能出现糖、脂肪、蛋白质吸收不良等其他症状，常常并发脱水性酸中毒、贫血等并发症。
一、典型症状
1、腹泻：常为吸收不良综合征的主诉，由未被吸收的营养物质影响肠道功能所致。糖类在结肠中发酵产生腹胀和食欲不振，水分吸收缓慢可致夜尿增多。常伴有腹部不适和肠鸣音活跃。腹痛多见于慢性胰腺炎、肠梗阻性病变或肠缺血者。
2、体重减轻、乏力、水肿：由于营养物质吸收不足及食欲不振，常表现为体重减轻或体重不增、倦怠、乏力。严重持续的营养不良可表现为进行性营养不良、生长发育迟缓、甚至恶病质。长期蛋白质吸收不良和不断地从肠腔丢失血浆蛋白质可引起低蛋白血症和周围性水肿。腹泻严重者可出现水、电解质及酸碱平衡紊乱；病程迁延者常出现营养不良、贫血及生长发育障碍。
3、维生素和矿物质缺乏的表现：如铁、叶酸或维生素B12 吸收不良所致的贫血，脂肪吸收不良所致的脂溶性维生素K吸收不良和低凝血酶原血症而引起的出血倾向，长期维生素D、钙、镁缺乏引起的手足搐搦症，脂肪泻患者可出现骨质疏松或病理性骨折，慢性低钙血症可致继发性甲状旁腺功能亢进，吸收不良患者可由于维生素A缺乏而表现为夜盲症、皮肤粗糙及过度角化。
二、其他症状
1、糖吸收不良：正常人乳糖摄入后被小肠黏膜刷状缘的乳糖酶水解为葡萄糖和半乳糖而吸收，各种原因造成小肠黏膜乳糖酶缺乏，使牛奶中特有的乳糖不能在小肠内充分水解和吸收，造成乳糖吸收不良。乳糖吸收不良出现临床症状和体征者，称为乳糖耐受不良。其临床表现为患儿进食乳类食品后出现渗透性腹泻，为水样便，粪脂不增加，粪便酸臭，有泡沫，常有腹部不适、腹胀、排气增多的表现，严重者出现水、电解质和酸碱平衡紊乱。一旦停食乳类食品或除去不耐受的糖类，腹泻症状可迅速缓解，此为本病的特点之一。
2、脂肪吸收不良：最常见的症状是腹泻、腹痛、腹胀、呕吐等，大便主要是脂肪泻，粪便量多、色淡、油脂状、恶臭。由于吸收不良，可引起体重减轻、营养不良性贫血、低蛋白血症、口腔炎、继发脂溶性维生素缺乏的症状、生长发育滞后等。
3、蛋白质吸收不良：单纯的蛋白质吸收不良罕见，一般均在肠黏膜广泛受损时，与脂肪或糖吸收不良同时发生。其临床表现是粪便颜色浅，有臭皮蛋气味，并出现与低蛋白血症有关的症状，如水肿、腹水等，而尿蛋白常阴性。