咽喉囊肿手术一般不太痛苦，因为首先手术采用的麻醉形式都是全麻。其次就是手术一般不会在皮肤上切口，一般是经口在支撑喉镜下来做手术，做的时候整个手术过程病人是睡觉的，所以整个手术过程病人不能够感受到。
术后主要是囊肿切除以后有创面，病人会有疼痛的感觉。但是每个人不一样，疼痛的感觉不一样，多数人疼痛不明显。少数人会有疼痛比较明显，在进食的时候可能会比平时可能更疼痛，但是基本上都是能耐受，所以整个手术痛苦不大。