输精管炎分为非特异性输精管炎和特异性输精管炎，在治疗上所使用的药物不一样，如下：
一、非特异性输精管炎的致病菌常是球菌、杆菌，以及支原体、衣原体、滴虫等等，所以抗生素治疗是主要的治疗方案，比如常用的左氧氟沙星、头孢地尼、磷霉素、阿奇霉素等等。如果症状明显，可以配合使用布洛芬或者消炎止痛的中成药，比如癃清片、前列舒通等等。如果出现血精，也可以配合使用迈之灵、消脱止-M，促进血肿吸收。
二、特异性输精管炎特指泌尿男生殖系统结核，常常与附睾结核、前列腺结核伴发。抗结核药物常用的有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、链霉素等等，这些药物都应该在医生的指导下联合、足量、足疗程的使用。