先天性巨结肠经过手术可能会治好，因为一般会行开腹手术或者腹腔镜手术，医生会切除部分巨结肠。这时可以做病理活检，查看结肠内是否有神经节，如果未发现有神经节，需要继续切除检查，直到发现有神经节，做肠道与肛管的吻合。
在手术后还需要给予抗生素进行治疗，同时还需要给予营养液进行治疗，常用的药物有复方氨基酸、脂肪乳，及多种微量元素、维生素等。因为巨结肠是由于结肠内神经节缺失所导致，所以只要剩余的结肠或者小肠，其内有神经节，就不会影响到患者的工作、生活及饮食。但是该疾病发现比较晚，只有当腹部明显膨隆时才能够发现，所以在出生后如果出现明显的排便异常，需要尽早去医院进行明确。