上颌骨囊肿手术的过程为：常规消毒铺巾，对术区进行上颌阻滞麻醉，由上颌第一前磨牙至第一磨牙，沿前庭沟切开，分离牙龈，掀起黏骨膜瓣，暴露牙槽骨面，用超声骨刀切开骨面，缓慢轻柔地分离上颌窦壁的黏膜，将囊肿完整摘除后，搔刮创面，最好使用石碳酸烧灼骨面，防止囊肿复发。填塞碘仿纱条，缝合创口，放置橡皮引流条。全身应用抗生素，预防感染。