酒糟鼻的治疗多采用对症治疗，先要调整内分泌，要纠正胃肠道功能的紊乱。在药物的选择上要选用克林霉素凝胶、过氧化苯甲酰凝胶、夫西地酸乳膏或者莫匹罗星软膏等。
还可以选用甲硝唑凝胶、替硝唑凝胶，低浓度的维A酸制剂等，利用药物起到消炎、杀菌，促进红斑和丘疹、脓包消退的作用，持续用药以后可以减少复发。
对于抗生素治疗无效者，可以小剂量的口服异维A酸，对于绝经期严重的酒糟鼻患者，用雌激素治疗也有一定疗效。抗生素的选择上，还可以选择甲硝唑、四环素、克拉霉素等抗生素酌情使用。