肛周脓肿根治需要进行手术治疗，手术中需要首先切开引流，将脓液放出，减轻脓肿部位的张力，缓解感染表现，同时还要找到造成脓肿的根源，往往是感染的肛窦位置，视情况进行切开或者挂线引流，然后对症应用抗生素，通常应用二三代头孢菌素和甲硝唑，或者根据手术取得的脓汁进行药物敏感培养进行抗生素应用来抗炎治疗，这样才能完全根治该位置的脓肿。但是由于肛窦是多个，呈环状分布在直肠黏膜和肛管的交界位置，本次发生感染的肛窦能够得到处理以后不再导致脓肿形成，其他未发生感染的肛窦也可能发生感染进一步导致肛周脓肿。因此肛周脓肿根治是指本次发病位置不会再复发，其他的部位还是可能再次出现脓肿的。