在一般情况下，肝囊肿不会有症状，这只是一般情况，也不排除有肝囊肿会引起腹部疼痛。肝囊肿引起腹部疼痛的原因，比较常见的是肝囊肿合并有感染。如果是单纯的肝囊肿，比较小的肝囊肿，直径小于10cm，甚至小于5cm的肝囊肿，如果没有感染，一般不会疼痛。另外肝囊肿的疼痛或者引起症状的原因，还有种情况是比较大的肝囊肿造成邻近器官压迫，比如压迫到胃、肠，有可能会引起腹部的不适，甚至疼痛。
肝囊肿有感染，一般情况下肝囊肿不会有疼痛，当肝囊肿有症状，有疼痛需要到医院进行B超，甚至CT的检查，来明确疼痛的原因是否是肝囊肿所引起。如果是有症状的肝囊肿，所说的肝囊肿有压迫症状，或者肝囊肿合并有感染，像这种肝囊肿有可能需要通过手术来进行处理。