肠镜的检查严格的说，包括十二指肠肠镜、小肠镜和结肠镜：
1、十二指肠镜主要是用于观察十二指肠乳头，并在此基础上进行胆道、胰管的成像及治疗。
2、小肠镜传统的需要从口侧和肛侧分别进境，以达到完整的观察小肠的病变，并进行内镜下的检查和治疗。
3、结肠镜则是从肛侧进镜，先寻腔进镜到回盲部然后推进观察，依次观察回盲部、阑尾、升结肠、结肠肝区、横结肠、结肠脾区、降结肠、乙状结肠以及直肠。观察的同时还可以进行一些病变的活检，还可以在此基础上进行息肉的切除、肿瘤病灶的明确或切除等，现在常见，应用在临床非常广泛。
为了解除病人检查时的痛苦，还有无痛结肠镜以及小肠镜等检查。小肠镜的检查因为操作比较繁杂、困难，又发明了胶囊内镜以及磁控胶囊内镜，这个能够有效地观察小肠，但是没办法进行病理组织检查。