肛周脓肿术后局部创面较大，患者会有不同程度的疼痛，疼痛的时间在两周左右，伴随局部创面分泌物的产生，术后伤口的消毒以及镇痛非常重要。建议每天排便后选择高锰酸钾溶液或者温盐水进行局部的清洗，然后使用碘伏对局部创面进行消毒，分泌物较多时，还可以使用引流条进行局部的加压引流，引流条主要选择油纱条。
如果局部创面疼痛比较剧烈，可以让患者口服止疼药物，例如双氯芬酸钠片，或者局部涂抹止疼类的凝胶，例如盐酸奥布卡因凝胶，但是不建议长期使用并且依赖于止疼药。随着术后局部肉芽的增生以及创面的愈合，疼痛会逐渐减轻。