卵巢巧克力囊肿不是都要进行手术的，卵巢巧克力囊肿的治疗应该根据患者的年龄、症状、病变部位和范围，以及对生育要求等加以选择，要进行个体化的治疗。
可以选择药物治疗，目的是抑制卵巢功能，阻止内异症的发展，适用于有慢性盆腔痛、经期痛，并且经期症状比较明显，有生育要求，及没有卵巢囊肿形成的患者。
对于较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质没有明确的患者，应该采用手术治疗，手术治疗的目的是切除病灶，恢复基本的解剖，是用于药物治疗不缓解的，局部病灶加重的患者。