肥厚型心肌病可以使用药物在全身麻醉下进行治疗。麻醉剂量应根据患者的体质和手术时间长短来选择，以控制患者的意识，术中如有其他情况或变化可暂时停止手术，对于麻醉处理应着重于减少左心室流出道的梗阻。
除此之外，为防止肥厚型心肌病患者出现猝死的可能，在麻醉过程中应控制患者的心率，可能将心率维持在60次/分钟左右。肥厚型心肌病是最常见的原发性心肌病之一，被认为是具有散发性和家族聚集性常染色体显性遗传疾病，通常占60%以上。
麻醉对于肥厚型心肌病是非常危险的，如果处理不当容易导致心力衰竭，手术前应对患者进行检查，以达到手术标准。