儿童抗磷脂综合征的病因并未明确，但是可能与遗传易感、抗原抗体反应、免疫异常以及基因缺陷有关，好发于女童，尚无明显诱因。
1、遗传易感因素：儿童抗磷脂综合征表现为家族聚集倾向，所以有遗传易感性。
2、抗原抗体反应：由于某些抗原作用于人体，可以引发儿童抗磷脂综合征，文献报道中多为系统性红斑狼疮患者。
3、免疫异常：研究表明有编码Ig基因的突变会引起免疫球蛋白异常，会引起儿童抗磷脂综合征。
4、基因缺陷：文献证明补体C3等位基因缺陷可以引起儿童抗磷脂综合征。