生物制剂是治疗强直性脊柱炎的有效的新型药物，是强直性脊柱炎治疗的一个里程碑。得了强直性脊柱炎长期应用生物制剂会有感染、肝炎、肿瘤等副作用：
第一、感染：由于生物制剂会降低机体的免疫力，因而会继发感染，主要的就是结核病，也就是肺结核、肠结核、肾结核、骨结核等等，生物制剂会导致人体对结核杆菌的抵抗力下降，导致结核菌容易侵犯人体，导致肺结核等等疾病的发生。
第二、肝炎：病毒肝炎等是由于病毒引起，免疫抑制剂会导致人体对病毒的免疫力下降，原来有肝炎的病人就容易复发，没有乙肝的容易感染乙肝病毒、丙肝病毒，导致肝炎的发生。
第三、肿瘤：现在还不能完全确定实质肿瘤是否与它的发生有关，但是目前的指南认为有肿瘤的不主张使用，也说明了它可能会导致肿瘤发病率的升高。