蛋白质-热能营养障碍的治疗周期较长，采用综合治疗措施，包括消除威胁生命的病症、调整饮食、补充营养物质、去除病因、改善消化功能及精心护理等。
一、一般治疗
1、去除病因、治疗原发病，如及早纠正先天畸形，控制感染性疾病，积极治疗各种消耗性疾病。
2、生活中加强护理，如改进喂养方法，大力提倡母乳喂养，按时逐渐添加辅食；从小安排良好的生活制度，保证充足的睡眠和休息；保持居室空气新鲜，环境清洁，做好皮肤、口腔清洁卫生，设法增进食欲，预防并发症。
3、营养不良患儿会出现腹泻、呕吐，极易发生脱水和电解质紊乱、酸中毒，必须及时发现、积极治疗。脱水、酸中毒纠正后应及时补钾和钙。
二、药物治疗
1、补充B族维生素和胃蛋白酶、胰酶，以助消化。
2、注射苯丙酸诺龙注射液，可能促进蛋白合成、增加食欲，是蛋白质同化类固醇制剂。
3、低血糖者在消瘦型多见，可静注50%葡萄糖溶液；严重贫血Hb(血红蛋白)<40g/L可输血，轻中度贫血可用铁剂治疗。
4、对食欲差者，可用普通胰岛素肌内注射，注射前口服葡萄糖；锌可提高味觉敏感度，增加食欲，可补充元素锌。
三、手术治疗
本病无手术治疗。
四、其他治疗
1、针灸、推拿、捏脊等疗法可起一定促进作用。
2、病情严重者，可给予要素饮食或进行胃肠道外全营养。