脊索瘤理论上来讲是属于一种良性的肿瘤，但是是恶性的表现形式。恶性的表现形式主要是一种侵蚀骨质，理论上讲，细胞分裂细胞核属于良性改变。
但是侵蚀骨质就会让很多人误解为恶性肿瘤，往往良性肿瘤都是以占位效应为主，而恶性肿瘤多是以浸润性侵蚀周围的神经组织骨质这些为主，往往也是因为侵蚀骨质的问题，造成了在手术的过程当中没有办法完全的切除肿瘤。
在一些骨缝或者骨质的凹陷处，有一定的残留，也很容易复发，术后需要及时进行相应的放疗处理，减少术后复发，增加治愈的形式。
但是无论如何，脊索瘤要定期复查，才能够决定究竟是否复发。