肛门溃疡的治疗主要是通过保守治疗和手术治疗来进行，具体如下：
1、保守治疗：需要调整饮食结构并配合药物坐浴治疗，例如尽量不要饮用含有酒精的饮品，不要吃过于辛辣的食物，也不要吃腌制食品等。可适当摄入新鲜的水果和绿色蔬菜，适当摄入低脂肪的优质蛋白，以促进溃疡尽快愈合。坐浴液可以选择很多种，常用稀释过的温高锰酸钾水，或者是中药制剂等，一般一天坐浴两次，分为早晚，每次10-15min。
2、手术治疗：常用于保守治疗无效时，一般是在骶管麻醉下或者是连续硬膜外麻醉下，将溃疡组织进行切除，后期再进行规律换药。在治疗期间，不能做过于剧烈的运动，要防止便秘，这样能够避免溃疡的再次出现。