脑囊虫的治疗包括驱虫治疗、对症治疗和外科手术治疗。驱虫治疗常用药物是吡喹酮和阿苯达唑。吡喹酮是广谱抗寄生虫药，应用时应从小量开始每次100mg每日两次，根据病情需要可逐渐加量，一般每日总剂量不超过1000mg，成人总剂量为300mg/kg。原则上囊虫数量多，加量较慢，囊虫数量少，加量快。2-3月后开始第二个疗程，共3-4个疗程。阿苯达唑也是广谱抗寄生虫药，从小剂量开始，逐渐加量，成人总剂量为300mg/kg，1个月后开始第二个疗程，共3-4个疗程。对症治疗：用药的过程中需要给予脱水药和糖皮质激素减轻炎症反应和脑水肿。手术治疗包括颞肌下减压术、脑室-腹腔分流术和囊虫摘除术。