肝脏局灶性结节性增生的病因未明，通常认为本病是在先天性血管畸形的基础上，因肝细胞酶系缺损而使细胞易受激素类药物的刺激，如口服避孕药，导致坏死后修复再生形成的结果，亦可能是对脉管性肝损害的异常再生反应。
一、主要病因
1、口服避孕药：许多报告认为本病与口服避孕药有关，避孕药可能对肝局灶性结节状增生细胞有营养作用，口服避孕药的妇女易发生肝局灶性结节状增生破裂和出血，少数病例在停服避孕药或雌激素之后，肝局灶性结节状增生可以缩小。
2、肝脏自身因素：先天性血管畸形或肝组织受损可能会刺激肝细胞增生，出现肝脏局灶性结节性增生。
3、内分泌因素：合成代谢雄激素类固醇是合成体内血管舒张过程中的内源性介质一氧化氮的前体，长期服用合成代谢雄激素可能引起肝组织的变化，可能诱发并加重肝脏局灶性增生的产生。
二、诱发因素
1、雌激素过多：肝脏局灶性结节性增生的病因和发病机制尚不明确，故其诱发因素也存在争议，可能与患者体内内分泌异常有关，如雌激素增多。
2、肝脏创伤、炎症：肝脏发生炎症或受到创伤时可能会刺激肝细胞的增生，导致肝脏局灶性结节性增生。