就目前来说，治疗禽流感的首选特效抗病毒药物是奥司他韦制剂，不过临床也建议有条件的患者应尽早做药敏试验，如果奥司他韦耐药，可选择扎那米韦制剂。因为人感染禽流感病情重，进展迅速，病死率高，故早期足量使用有效的抗病毒药物，对控制病情进展和改善患者的预后，具有十分重要的意义。应在症状出现后的48小时内用药，越早越好，可缩短病毒持续复制的时间，提高患者存活率。
对于临床上认为需要抗病毒治疗的患者，即使发病超过48小时，也应使用抗病毒药物。目前对于人感染禽流感确诊的病例，已诊病例，聚集性流感样病例，有慢性心肺疾病、高龄、妊娠等情况的流感样病例，病情快速进展，以及临床上认为需要使用抗病毒药物的流感样病例，其他不明原因的肺炎病例，对于以上情况，都应当及时的进行抗病毒治疗。