永存动脉干暂无有效的早期筛查方式，但孕妇戒烟、处理孕期疾病等可预防患儿出现该病的发生。
（1）积极处理孕期疾病，如糖尿病。
（2）女性应在孕期戒烟，以防止永存动脉干的发生。
（3）孕期严格注意用药，不使用医生不推荐怀孕期间使用的药物。