肛瘘患者如果诊断明确，需要手术治疗才能治愈。手术切口的愈合时间，需要结合手术方式而定。低位肛瘘大多行肛瘘一次性切开术，切口开放，引流通畅，愈合时间相对较快，大约需要两周左右时间。高位肛瘘或复杂性肛瘘的愈合时间会有所延长，一般需要3-4周时间，甚至时间更长。影响肛瘘手术愈合的因素如下：
一、年龄，随着年龄的增加，人体组织的增生、再生能力减弱，明显影响创面的愈合速度。
二、伤口引流不畅和感染时，渗出物很多，不但会影响伤口愈合，感染扩散还会导致扩大伤口。
三、清洗不当，清洗伤口过勤或使用药物不正确，使伤口肉芽组织水肿、过度增生均影响伤口的愈合，因为熏洗过勤导致伤口愈合缓慢的患者大有人在。
四、糖尿病患者，血糖增高同时伴有血管病变，影响伤口愈合。
五、吸烟者血液循环中一氧化碳和血红蛋白的结合，降低了对氧的运输能力，尼古丁会使周围血管收缩，影响伤口愈合。