肠结核与克罗恩病相比，肠结核比较好治，而克罗恩病治疗比较困难。因为肠结核是由结核杆菌侵犯肠道黏膜引起的炎症，一旦诊断明确，只要坚持正规有效的抗结核药物治疗，大多数情况下可以治愈，预后比较好。而克罗恩病是一种病因不明的、可能与免疫紊乱相关的疾病，其治疗上需要用免疫抑制剂、激素、美沙拉嗪等综合治疗，往往不能根治，病情呈反复发展，多需要终身用药，预后比较差。
两者在临床表现上有许多相似症状，都会出现腹痛、腹泻、低热或并发肠梗阻等。其鉴别主要是通过结肠镜检查，以及病理学的鉴别来进行诊断。