通常来说，引起畸胎瘤发病的原因目前并不是很清楚，通常认为是多种原因综合作用的结果，常见有睾丸畸胎瘤、卵巢畸胎瘤，说明如下：
1、睾丸畸胎瘤：通常认为与睾丸创伤、内分泌功能障碍、遗传因素和感染等因素有一定的关系，患有睾丸下降不全的男性，也就是隐睾的男性，发生睾丸畸胎瘤的可能性会明显增加，隐睾特别是腹腔内的隐睾，发生恶性改变的几率会明显高于正常的睾丸。目前认为，睾丸畸胎瘤可能和局部的温度升高、血液供应障碍、内分泌失调、性腺发育不全等因素有关；
2、卵巢畸胎瘤：通常认为与环境因素、先天缺陷、染色体异常有关。