卵巢早衰的病因比较复杂，50%以上的患者没有明确病因，目前已知的因素包括染色体异常、自身免疫性疾病、医源性损伤、病毒感染等。常见的染色体异常遗传病有先天性卵巢发育不全（特纳综合征）、脆性X综合征，约5%-30%的卵巢早衰病人合并其他自身免疫性疾病，常见的自身免疫性疾病有桥本氏甲状腺炎、艾迪森氏病、系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等。
恶性肿瘤放疗、化疗是卵巢早衰的原因，卵巢肿瘤切除术或卵巢子宫内膜异位囊肿剥除术后可影响卵巢的血运，引起卵巢早衰。还有乙型脑炎、腮腺炎等病毒感染，可损伤卵巢组织导致卵巢早衰。卵巢早衰的病人在日常生活中要健康饮食、规律运动，由专业医生综合评估后，且需在医生的指导下进行雌孕激素治疗，防止骨质疏松的发生。