结膜炎患者用什么眼药水进行治疗，主要取决于其发病原因，主要分析如下：
1、细菌性结膜炎：需要使用抗生素类眼药水进行治疗，开始时应使用广谱抗生素眼药水进行治疗，目前常使用的广谱抗生素眼药水有左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等，根据病情轻重可以选择结膜囊冲洗和局部用药，有些患者需要全身用药或联合用药。在确定致病菌后，可以给予敏感抗生素进行治疗，比如针对耐药性葡萄球菌性结膜炎，可以使用万古霉素滴眼液。
2、病毒性结膜炎：应予以抗病毒眼药水进行治疗，常用药物有重组人干扰素α2b滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶等，当合并细菌感染时，可以加用抗生素治疗。
3、过敏性结膜炎：主要使用抗过敏眼药水和抗炎类眼药水治疗，抗过敏眼药水主要是指肥大细胞稳定剂和抗组胺类眼药水，常用眼药水有埃美丁滴眼液、帕坦洛滴眼液等，常用抗炎类眼药水包括激素类眼药水、非甾体类眼药水及免疫制剂眼药水，比如氟米龙滴眼液、他克莫司滴眼液、普拉洛芬滴眼液等，但激素类眼药水不能长期使用。