脑干梗死如果是比较小的腔隙性梗死，没有影响到严重的结构，一般可以仅表现为一侧的肢体的轻偏瘫或者麻木，有些病人还会有头晕，经过治疗以后可以完全缓解，不遗留有任何后遗症状。当然还要继续服用抗血小板药和他汀类的药物，预防脑干梗死的复发。
如果脑干梗死面积比较大，影响脑呼吸循环中枢，患者可能会出现呼吸循环的问题，可能要借助呼吸机辅助呼吸。还有病人面积比较大，影响上行网状激活系统，患者可能会出现昏迷，这类患者预后就非常差，可能在几天之内就会死亡。因此脑干梗死根据面积的大小和累及重要结构的不同，它的预后是不同的，比较轻微的脑梗死是完全可以痊愈的。