甲状腺功能减退可能的并发症在心脏可以导致心包积液，化验检查可以出现血脂紊乱，表现为高胆固醇血症和高甘油三酯血症，还可以表现为贫血。
严重甲减患者可以出现神经系统并发症如嗜睡或者谵妄、幻想等精神病表现。儿童期的甲状腺功能减退并发症是生长发育迟缓和智力低下，妊娠妇女甲状腺功能减退如果没有得到恰当的替代治疗，可以导致后代出现智力低下的并发症。
建议存在甲状腺功能减退情况的人群，积极遵医嘱使用左甲状腺素钠片，提高体内甲状腺激素水平，防止出现严重并发症。