甲状腺功能减退的治疗主要是补充甲状腺激素。药物治疗是补充额外的甲状腺激素。最常见的是左甲状腺素，通过补充甲状腺素来缓解身体因分泌不足导致的病症。
在服用药物期间需要持续服用，从小剂量开始逐渐加量，不能出现自主停药的情况，吃药时间需要与含铁元素的食物或药物间隔开来，以免药性被破坏。
甲状腺素的服用需要在空腹时服用，每日服用的时间点要固定，在长期的药物服用里需要定期去做检查，根据检查结果调整服用的药量。
还可以适当补充碘，碘元素的补充主要是通过碘盐或者海产品，例如海带、紫菜，碘的摄入可以刺激甲状腺功能，促进甲状腺激素的释放。