肠结核的发病部位主要位于回盲部，有时也可累及到结肠以及直肠。肠结核是结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染，常常继发于肺结核。不同的肠结核部位有稍微的区别，比如溃疡型肠结核病灶可累及周围腹膜或邻近肠系膜淋巴结，引起局限性结核性腹膜炎或淋巴结结核。增生型肠结核多局限在回盲部粘膜下层及浆膜层壳有大量结核，肉芽肿和纤维组织增生。混合性肠结核的两个部位都可能存在。