急性扁桃体炎的致病菌大多为乙型溶血性链球菌，所以临床上首选的抗生素为青霉素类。如果患者对青霉素、头孢菌素类药物过敏，可以选用阿奇霉素，同时可视病情程度而决定给药途径。
如果药物治疗效果不明显，条件允许时可以行咽部细菌培养，根据药敏结果再选用合适的抗生素。急性扁桃体炎患者在治疗上建议其多饮水，清淡饮食，疏通大便，要避免辛辣刺激性食物。