重症的肺结核或确诊肺结核后治疗不积极可出现后遗症，例如胸膜肥厚、肺毁损、支气管扩张等等。所以当患者确诊为肺结核后，要进行系统性的治疗，需要使用抗结核的药物进行治疗，常用的药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素等等，应用的原则是早期、适量、联合、全程、规律的用药。
在用药的过程中需要注意监测药物的副反应，如果患者出现后遗症，要给予相应的治疗，例如肺毁损的患者出现明显的气喘，可吸入支气管舒张剂缓解临床症状，例如异丙托溴铵、沙丁胺醇。