婴儿使用制霉菌素的危害是由于婴儿如果口服制霉菌素，剂量较大的时候可能会出现消化系统的异常反应，主要表现为腹泻、恶心、呕吐、上腹部疼痛、腹胀等不良反应。一般来说，对于制霉菌素，五岁以下的孩子不推荐口服使用。
制霉菌素主要是用于抗真菌治疗，是一种广谱的抗真菌药物。制霉菌素在应用的过程当中胃肠道一般不吸收，如果常用剂量口服之后，血药浓度极低，所以制霉菌素对于全身的真菌感染没有治疗效果，局部外用也不被皮肤黏膜吸收。