本病治疗主要是消除诱因，根据不同细菌的感染，选择不同的抗感染药物治疗。还要缓解症状，解除梗阻，改善全身症状，防止并发症出现。
一、药物治疗
1、抗胆碱能药物：对腹痛者可用抗胆碱能药物，如阿托品、山莨菪碱和颠茄。
2、抗结核药物：多采用短程疗法，一般用异烟肼和利福平联合治疗。若同时合并严重肠外结核，如粟粒性肺结核和结核性脑膜炎等，常需3药联合，可加用链霉素、乙胺丁醇或吡嗪酰胺其中之一。若十二指肠结核属继发，患者过去因肺结核或其他部位的结核接受过抗结核药物治疗，则结核杆菌已对第一线药物产生一定的耐药性。此时，应考虑第二线药物，用药时应注意足量给药，这是药物治疗成败的关键。
二、手术治疗
1、手术适应症：经内科治疗无效和出现并发症者，如合并完全性肠梗阻、急性肠道大出血、急性或者慢性肠穿孔、十二指肠内瘘，手术原则上应进行剖腹探查术。一般可以明确诊断，进行下一步治疗。
2、手术方法：十二指肠壶腹部结核可行胃部分和病变部位切除术，加胃空肠吻合术，亦可采用幽门成形术和迷走神经切断术。对于病变不能切除的部分，可用胃空肠吻合等转流术式。对于降部以下且十二指肠乳头以上的梗阻，可用胃空肠吻合术或胃部分切除术。十二指肠乳头以下的梗阻，应在梗阻部位以上，行十二指肠空肠Roux-en-Y吻合术。合并内瘘的部分，可根据病情选用肾切除、横结肠部分切除、内瘘切除等方式。
3、手术后抗结核治疗：无论何种术式，术后需常规抗结核治疗。
三、其他治疗
1、对腹泻和入量不足者，可予补液和补钾治疗，以防止电解质紊乱。
2、对出现十二指肠不全梗阻的患者，可行胃肠减压术，以缓解症状。