跖疣的治疗主要可以分为药物和物理疗法两大类，药物治疗包括外用药，可选择水杨酸，维A酸、咪喹莫特、鬼臼毒素、干扰素、斑蝥素等药。其中有些药物可能会导致用药部位出现红肿、水疱、疼痛，甚至糜烂等，如果症状严重应暂停使用。口服药物常用免疫调节剂，如转移因子以及维A酸类的药物。
经中医的辨证论治，口服中药也能起到一定的作用。注射药物，可以用干扰素、聚肌胞注射液，疣体内注射。物理疗法包括液氮冷冻，治疗后疣体会发生红肿、水疱、结痂、脱落。冷冻治疗，通常疗程较长，一般两周治疗一次，直到疣体完全脱落为止。激光治疗可选择二氧化碳激光、脉冲染料激光等，激光治疗必须在正规的医疗机构，由专业医生操作进行，微波治疗、局部热疗也可作选择。近年有人应用光动力疗法治疗跖疣，就是在疣体局部涂上光敏剂后再进行光照，也能取得不错的治疗效果。