1、体格检查：主要检查患儿的生长发育状况，身高、体重等是否严重低于正常婴儿标准，可初步判断孩子的维生素B6缺乏状况。
2、病史询问：了解患儿和其母亲的日常生活习惯以及饮食习惯，特别是母乳喂养习惯，以及是否服用避孕药物，可初步判断孩子的病因。
3、生长发育评估：采用格赛尔发育量表等量化的具体标准对孩子的发育状况进行评估，主要观察智力发育和运动水平是否正常。
4、尿液中的维生素B6浓度：可判断患儿的维生素B6代谢是否正常，是否属于维生素B6依赖。
5、尿中色氨酸降解产物水平：尿中色氨酸降解产物水平是诊断小儿维生素B6缺乏的主要检查，可明确判断患儿的维生素B6代谢状况。
6、血液中的维生素B6水平测定：主要观察患儿血液中的维生素B6是否在正常范围，但测定值波动较大，需理性参考。
7、红细胞内依赖性维生素B6酶活性：红细胞内依赖性维生素B6酶活性是评价体内维生素B6水平的指标，如果出现维生素B6酶活性数值较低的情况下，需要针对于酶活性进行治疗。
8、脑电图：主要通过不同的诱发电位判断患儿是否存在癫痫以及脑部病变，排除相关脑部疾病的诊断。